一、中小企业改制带给税收政策的挑战 
1.中小企业改制与按所有制和区域制定的税收优惠政策存在较大的矛盾冲突。从笔者调查的情况来看，首先是现行的按经济成分制定的税收优惠政策，由于企业改制打破了所有制界限而难以操作，影响了改制的进程。如原为集体所有制的校办、民政福利等中小企业改为股份制、个体、私营等企业后，能否享受原来的优惠政策？国有粮食企业改制为其他经济成分后，是否可以继续减免税？其次是按区域制定的所得税优惠政策，使得中央企业与地方企业之间、不同区域企业之间实际税负不均，形成了企业间的不平等竞争。对股份制企业所得税，也有不少区别对待的规定，致使中央企业与地方企业之间、不同地区企业之间的税负不平，影响了中小企业改制。
2.“生产型”增值税存在着阻碍改制企业技术进步和不能彻底解决重复征税的问题。我国目前实行的“生产型”增值税，虽然对于稳定和增加财政收入、抑制基建规模膨胀等起了积极作用，但从近五年来的运行实践来看，其阻碍技术进步和不能彻底解决重复征税的弊端已逐渐暴露出来。特别是对于企业改制，建立现代企业制度，在某种程度上已形成了阻滞，如某企业作为某县级市最大的征税企业，在该市税源结构中所占的比重达40％。由于增值税是价外税，该企业产业作为基础源头产业，进项税额抵扣少，加之不允许抵扣外购固定资产所含已征税款，使该企业实际税负由税改前的3％上升到1994年的7.55％，上升了4.55个百分点。基础产业税负上升，导致该市宏观税负偏高，企业负担加重，特别是改制企业技术改造投入严重不足。
3.企业改制后存在着大量小规模纳税人被排除在增值税链条之外，在一定程度上影响其生产经营的弊端。根据我国现阶段生产力发展水平，新的增值税制将增值税纳税人划分为一般纳税人和小规模纳税人，这对于增值税的顺利实施起了重要作用。但是，也同时存在大量小规模纳税人被排除在增值税链条之外，在一定程度上影响其生产经营的弊端。随着企业改革的不断深入，国有和集体小企业采取承包、租赁、委托经营以及分离、拍卖或由私人经营的方式后，绝大部分经重新认定，由原来的一般纳税人转为小规模纳税人。一方面，这些为数众多的国有和集体小企业转为小规模纳税人后，被人为地割裂了与一般纳税人的正常经济往来，既不能享受税款抵扣，又不能以17％税率开具增值税专用发票，失去了多年的客户，生产经营活动严重受阻。另一方面，也使一般纳税人的生产经营和业务往来对象的选择有了一定的局限性，这在县级中小企业中表现得尤为突出。由于县级中小企业多为一些生产手工业品和轻工业产品的企业，经济业务往来客户多数局限于县域经济之中。他们虽被认定为一般纳税人，但进货仍然离不开小规模纳税人。此外，一般纳税人不断减少，小规模纳税人大量增加，也使增值税难以实行规范化管理，最终危及增值税税制的巩固和完善。
4.在企业改制时存在利用增值税专用发票做手脚、骗税、偷税等违法行为。增值税专用发票能否规范运作直接关系到增值税乃至整个税制改革的成败。近年来，不法分子伪造、盗窃、倒卖、骗取、虚开、代开增值税专用发票，利用增值税专用发票偷税骗税的违法犯罪行为屡禁不止；一些企业在改制中，由于种种原因导致财务管理混乱；有的一般纳税人企业在增值税专用发票使用中，存在应开不开、虚开代开、假报遗失等利用增值税专用发票的骗税和偷税行为。
5.改制企业不愿及时办理税务登记的有关变更、注销手续，税收征管难以监控到位。据调查，中小企业改制后，问题较为突出的是税务登记制度刚性不足，缺乏制约性。中小企业改制必然会引起纳税主体等登记项目频繁变动，应及时依法向税务机关申报办理税务登记、变更或者注销登记。但出于债务、欠税、一般纳税人认定、及时足额缴税、财税体制、政企关系等多方面原因，有相当一部分改制后的企业不愿办理税务登记的有关变更、注销等手续。税务机关在税务登记管理上明显滞后，其主要原因就是现行税务登记制度处罚力度和制约性较差。《征管法》中关于不按规定办理税务登记的处罚不及未按规定办理纳税申报的处罚力度大。加之税务登记除了对购买发票有制约作用外，对业户其他方面特别是对大量不需用发票的纳税人来说，制约性很差，从而导致税务登记率一直较低，在企业改制中这个问题更显突出。
6.改制企业的欠税“空挂”、欠税难清的现象普遍存在。一是破产企业欠税基本无法收回；二是企业改制行为不规范，采取“金蝉脱壳”手段使欠税“空挂”，难以追缴；三是兼并企业不愿承担被兼并企业的欠税。在实际工作中，兼并企业往往有意冲销被兼并企业的欠税或借故推诿，使税务机关催缴欠税因找不到欠税人而陷入被动状态。
7.企业改制后非公有制经济比重上升给税收征管工作带来了一定难度。在中小企业改制中，随着企业拍卖、出售、承包、租赁、委托经营、民营等企业改制形式的出现，一方面，非公有制经济逐渐成为县域经济的重要组成部分，成为新的税收增长点；另一方面，个体私营经济成分比例相应上升，个体私营企业数量增多，给原本就难征难管的个体税收带来了一系列的新情况和新问题。
8.“任务治税”干扰了改制后企业间的平等竞争。在现行分税制财政体制下，基层一些地方政府为平衡财政预算，通过向税务机关层层分解下达指令性税收指标，来保证实际财政预算中的税收计划，全部税收征管活动以此为中心。同时，以行政手段给企业下达税收计划任务，并将此作为考核、评价企业领导工作实绩及决定其职务任免的标准。这种实际工作中存在的“任务治税”现象，在一定程度上阻碍了现代企业制度的建立。
由于税收任务的制定存在着较大的主观性和随意性，加之前几年一些地方存在的不合理的财政“垫基数、保基数”的问题，因而使税收计划与实际税源不一致。当下达的税收任务数超过实际税源时，就会形成预征或多征；当下达的税收任务数低于实际税源时，就会形成漏征或少征。这无疑会干扰改制后企业间的平等竞争，必然严重挫伤广大职工和改制向各投资方的积极性，限制和阻碍改制的深入进行。
9.税收的行政隶属关系与跨区域的企业改制格格不入，从而使征收管理难以到位。按照目前我国分税财政体制的规定，税收依照其行政隶属关系分级次入库，并以此划分税务机关之间对相应企业的税收征管权。在实际运行中，一些与主管税务机关以及所属政府不在同一地域的企业，往往得不到当地政府的全力支持，特别是主管税务机关鞭长莫及，征收管理不能到位c随着现代企业制度的逐步建立，上述弊端更加突出，与企业改制形成了明显的矛盾。一方面企业跨地区、跨部门、跨行业、跨所有制实施兼并、联合、股份制改造，有的还实现了跨国联合；另一方面各级政府和主管税务机关之间又因企业纳税主体、隶属关系的变化，在税款入库级次和征收管理上纠缠不休，对企业改制加以行政干预。尤其是改制后无主管部门的企业的税收入库级次、股份制企业所得税的征收矛盾更突出。
二、针对上述矛盾和问题提出的建议
1.清理整顿税收优惠政策，取消按所有制和区域制定的税收优惠政策。必须尽快取消按所有制和区域制定的各种税收优惠政策，并以此为突破口，全面清理整顿现行税收优惠政策。使税收优惠自觉遵从国民待遇原则，从按所有制性质和区域优惠向贯彻国家产业政策、优化产业结构、促进各地区经济协调发展的税收优惠转变，使现行税制更为协调统一，税负公平，以适应建立现代企业制度的需要。
2.逐步实现增值税由“生产型”向“消费型”的过渡。从长远和战略高度看，我国应加快增值税由“生产型”向“消费型”过渡的步伐，按照国家产业政策和地区发展战略，应首先对基础性产业实行增值税转型。考虑到我国财政的承受能力，第一步可由“生产型”转变为“收入型”，待条件成熟后，再向“消费型”转变。
3.扩大增值税一般纳税人范围，促使小规模纳税人向一般纳税人转变。必须及时调整小规模纳税人政策：（1）有条件地放宽一般纳税人的认定标准，凡实行建账建制能够正确核算进、销项税额及应纳税额的小规模纳税人，都可转为一般纳税人。（2）对于销售额达到标准而财务核算不符合要求的从事货物生产、加工劳务和批发生产资料的小型企业，可允许其使用增值税专用发票，由税务机关代开，实行17％的税率，并促使其加强财务核算，尽快向一般纳税人靠拢，向公司化方向发展。
4.弱化和分流增值税专用发票扣税作用。
解决这个问题除了切实加强增值税专用发票领购、保管、使用和检查等各个环节的监督管理外，重要的是采取措施，为增值税专用发票减负，弱化和分流增值税专用发票的扣税作用。（1）管票与管户相结合。克服以往单纯以票管税的做法，通过管户管住税源，保证税款及时足额入库。（2）管票与管账相结合。增值税专用发票尽管是增值税链条的关键环节，但在企业会计核算中，只是发生经济业务的原始凭证之一。单纯凭增值税专用发票抵扣税额，而抛开整个账务的会计核算，显然是不明智的。（3）管票与管货相结合，通过抽查、盘点库存货物，检查货物的进、销、调、存、转，来核对相应的进销项税额，克服以往将主要精力耗费在检查发票是否违规的做法。此外，可探索适当缩小增值税专用发票使用范围的新途径。
5.完善征管法规，切实加强欠税管理，加强对非公有制经济的征收管理。（1）完善税收征管法律制度。面对现实，需要通过相应的立法程序，修改和完善《征管法》中关于税务登记违规的处罚条款。提高罚款数额，切实加大惩戒力度。要使处罚手段多样化，增强其可操作性，如对不按规定办理税务登记的纳税人，税务机关除了处以罚款外，还可查封其货物、经营工具和经营场所等，迫使其办理税务登记；增加有关部门配合，强化税务登记制约作用的条款。可规定凡未按期办理税务登记的纳税人，工商行政管理部门吊销其营业执照，金融部门不予开户和贷款，交通管理部门不予办理车辆上户及年检手续等，以增强其制约作用。（2）强化欠税管理。针对企业改制给欠税清理带来的一系列新情况、新问题，税务机关应在支持企业减轻负担的同时，从国家利益大局出发，全力以赴收回欠税。经税务机关审查，法院依法宣告破产的企业欠税，应由国家税务总局授权省级税务机关审批核销。对于因企业兼并和拍卖、出售等形成的欠税，应明确规定由兼并方和购买方负责清缴，不能由主管部门挂账。
无力清缴被兼并企业或所购企业欠税的，可视为不具备兼并和购买的资格，不允许其实施兼并和购买行为。对于采取“金蝉脱壳”手段逃避欠税的，应授权税务机关依照新企业是否继续使用老企业经营场地、固定资产、无形资产、技术力量及职工等界定标准，确认是否由新企业承继老企业欠税，并切实强化欠税追缴的执法手段，严格执行加收滞纳金制度。（3）加大对非公有制经济税收征管的力度。应迅速扭转那种重公有制企业税收、轻个体税收，重大税、轻小税的旧观念、旧做法。要探索非公有制经济税收征管的特点和规律，进一步建立健全个体私营等非公有制经济的税收管理办法；要从个体税收的征管实际出发，以及时足额征税为目标，不仅明确纳税人依法自行申报纳税的责任，也要明确税务人员及时足额征税的责任；要在个体税收综合治理和综合服务上下工夫。税务机关要紧紧依靠地方各级党委、政府，与工商、银行、公安、政法、交通、城建、街道、会计师事务所等部门协调配合，在加强税收监控综合治理的同时，为个体私营业户提供综合服务，把综合治理与综合服务有机地结合起来，达到既收好个体税收，又促进非公有制经济发展的效果。
6.采取有效措施，逐步改变基层“任务治税”的状况。应紧紧抓住政府改革和人员精简分流的机遇，在分税制财政体制下，变“以支定收”为“量入为出”；变“扩大税收任务保财政”为“发展经济保财政”；变“吃饭财政”为“生产效益性”财政，从而，逐步改变基层“任务治税”状况。
7.大力推进税收属地管理体制。应在进一步完善分税制财政体制的前提下，大力推进税收属地管理体制，所有企业包括外资企业，都应由税务机关按地域切块实施征收管理。这样不仅有利于就近密切监控税源，提供方便、快捷的税务服务，增强征管有效性，保证税款及时足额入库；也有利于当地政府大力支持企业的生产经营。由此引起的财政收入级次变化，应通过将内资企业所得税改为共享税，以及完善财政转移支付制度来解决，以优化资源配置，优化资本结构，促进现代企业制度的建立。